Фамилия Ступеня — редкий случай, когда основа слова не вписывается в стандартные модели русских фамилий на -ов, -ин или -ский. Она застыла в форме, близкой к именительному падежу единственного числа, что сразу наводит на мысль о её украинском или белорусском происхождении. В этих языках фамилии без суффикса (так называемые «патронимы в чистом виде») встречаются гораздо чаще, чем в великорусской традиции. Сравните: Шевченко, Тимошенко, а также менее известные Скоробогатько, Кривонос. Ступеня стоит в том же ряду: это прозвище, которое так и осталось фамилией без дополнительных формальных приращений.

Корень «ступ-» отсылает к глаголу «ступать» или существительному «ступня». Самая прямая версия: предок получил прозвище Ступеня из-за особенности походки — косолапил, тяжело ступал или, наоборот, ходил очень легко и тихо. В говорах слово «ступня» могло означать не только ногу, но и след, отпечаток ноги, а также меру длины. Менее очевидный, но возможный вариант — связь с «ступой» (приспособлением для толчения зерна) или «ступенью» (лестничной перекладиной). В этом случае прозвище могло закрепиться за мастером, делавшим ступы или лестницы, либо за человеком, жившим у какой-то заметной ступени (например, у каменной лестницы в городе).

Словообразовательная модель здесь простая, но выразительная: основа глагола или существительного плюс окончание -я, характерное для украинских и белорусских прозвищ (ср. Мазепа, Голопупенко, но без суффикса -енк-). Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Ступеня́, хотя в русской среде могли перетягивать на первый: Сту́пеня.

Географически фамилия тяготеет к западу и югу России, а также к Украине и Беларуси. В современных российских базах она встречается точечно, в основном в Смоленской, Брянской областях и на Кубани — регионах, куда активно переселялись украинские крестьяне. В дореволюционных метрических книгах Ступеня почти не фиксируется как дворянская или купеческая — это фамилия крестьянская или казачья, что подтверждает её прозвищное, бытовое происхождение.

Интересный нюанс: в некоторых говорах «ступеня» могли называть нерасторопного, медлительного человека — того, кто «ступает» не спеша, как бы задумавшись. Если так, то прозвище было не столько физическим, сколько характеризующим темперамент. Однозначно выбрать одну версию трудно, но связь с походкой или поступью — самая естественная и распространённая в ономастике: подавляющее большинство фамилий этого типа описывают внешность или поведение, а не профессию.