Фамилия Ступиня — редкий пример фамилии, образованной не от глагола «ступить», а от диалектного прозвища, связанного с походкой или осанкой. В русской ономастике основой чаще всего выступает слово «ступа», «ступить» или «ступня», но в данном случае мы имеем дело с суффиксальной моделью на -иня, которая в фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на принадлежность к роду или местности.

Суффикс -иня характерен для прозвищ, которые закреплялись за человеком по его физической особенности или манере поведения. «Ступиня» могло означать человека с тяжёлой, медленной походкой — «ступающего», то есть идущего с усилием, как бы втаптывающего землю. В говорах северных и центральных областей России слово «ступа» означало не только деревянное приспособление для толчения, но и неуклюжего, неповоротливого человека. Соответственно, Ступиня — это прозвище, которое дали тому, кто ходил грузно или медленно.

Версия, что фамилия происходит от названия города Ступино, маловероятна: топонимические фамилии обычно имеют суффикс -ский (Ступинский) или -ов (Ступин). Форма на -иня явно указывает на прозвищное происхождение. Встречается она преимущественно в южнорусских и украинских говорах, где окончание -иня иногда заменяло стандартное -ин. Так, Ступиня мог быть записан как вариант фамилии Ступин, но с местным диалектным окончанием.

Ономастический словарь Б. Унбегауна не фиксирует фамилию Ступиня как типовую, что подтверждает её редкость. В переписях XVIII–XIX веков такие фамилии чаще всего встречались в крестьянской среде, где прозвища давались по внешним признакам или поведению. Ступиня — это не ремесленник и не служилый человек, а скорее деревенский житель, которого окрестили соседи за характерную манеру ходить.

Таким образом, фамилия Ступиня — это не про ступню как часть тела, а про образ движения: «ступающий» человек. Носитель такой фамилии мог быть предком из южнорусских губерний, где прозвища на -иня были обычным делом. Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего Ступин, Ступак, Ступников, но Ступиня стоит особняком благодаря редкому суффиксу, который сразу выдает нестандартное происхождение.