Фамилия Ступишин — редкий пример русской родовой фамилии, которая ведет свое начало от личного прозвища, но при этом имеет отчетливый дворянский след. Вопреки расхожему мнению, что все фамилии на «-ин» крестьянские, Ступишины уже в XVI веке входили в элиту Московского государства, а их род был записан в VI часть родословных книг — туда попадали только древние благородные семьи, доказавшие свое происхождение до 1685 года.

Основа фамилии — прозвище Ступиша, а в нем скрыта вилка из двух значений. Первое тянется к глаголу «ступать»: так могли прозвать тяжелого на подъем, медлительного человека, который будто бы ступает с трудом. Второе значение — «профессиональное», от слова «ступа». В старину ступа была незаменимой хозяйственной утварью, и прозвище Ступиша могли дать либо мастеру, делавшему такие сосуды, либо тому, чья работа была с ними связана. Какая из версий верна для конкретного родоначальника, сегодня сказать невозможно, но обе имеют право на существование.

Дворянский род Ступишиных восходит к началу XVI века. Внутри семьи прослеживается редкая для одного рода концентрация высоких чинов и духовных санов. Трифон Ступишин, умерший в 1566 году, был епископом Суздальским, затем архиепископом Полоцким. В XVII веке многие Ступишины служили стольниками и стряпчими — это были придворные чины, дававшиеся только проверенным дворянам.

В XVIII веке род дал сразу трех братьев-губернаторов: Алексей Алексеевич (умер в 1786 году) дослужился до генерал-аншефа и управлял Нижегородским, Костромским и Вятским наместничествами, Петр Алексеевич (умер в 1782 году) был губернатором в Выборге, Иван Алексеевич (умер в 1806 году) — в Пензе. Иван Васильевич Ступишин в 1793 году занимал пост Московского губернского предводителя дворянства. Род внесен в родословные книги Московской, Пензенской, Симбирской и Костромской губерний.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: суффикс «-ин» присоединялся к основе, оканчивающейся на гласный или мягкий согласный, и указывал на принадлежность — «сын Ступиши». В отличие от фамилий на «-ов», которые образовывались от основ на твердый согласный, «-ин» звучит более архаично и часто встречается именно в старых московских родах.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий. Однако уже в XVI веке Ступишины прочно осели в служилой среде, и это позволяет предположить, что прозвище Ступиша закрепилось за их предком еще в XV веке, когда фамилии только начинали оформляться у знати.