Фамилия Суднищников — редкий пример, когда прозвище, лёгшее в основу, связано не с ремеслом или внешностью, а с местом, где человек нёс службу или выполнял определённую работу. В её основе лежит слово «суднище». Так в старину называли не просто большое судно (корабль, лодку), а место, где суда строили или ремонтировали — то есть судостроительную верфь или сухой док. Человек, работавший на таком «суднище» — плотник, конопатчик или смотритель — получал прозвище Суднищник. Суффикс -ник здесь указывает на лицо по месту или роду занятий, как, например, в словах «огородник» или «плотник».

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: прозвище (Суднищник) плюс притяжательный суффикс -ов, который превращает его в фамилию: «чей? — Суднищникова», то есть сын или потомок Суднищника. Интересно, что в фамилии сохранился суффикс -щ- (суднищ-), который в современном языке почти не встречается в названиях профессий, но был характерен для северных и поморских говоров, где «суднище» могло означать и само судно, и место его стоянки. Это сразу отсекает фамилию от южнорусских вариантов вроде Судников или Судницкий.

Версия о связи с личным именем Суд (краткая форма от Судислав или Судимир) маловероятна: суффикс -нищ- не характерен для образования от имён, а скорее указывает на предмет или место. Поэтому самая надёжная гипотеза — профессиональное прозвище человека, приписанного к судостроению или судоремонту. Такие фамилии редко встречаются за пределами регионов с развитым речным или морским промыслом — Поволжья, Прионежья или русского Севера.

Фамилия не получила широкого распространения и осталась локальной. В дореволюционных источниках она почти не фиксируется, что говорит о её позднем закреплении — скорее всего, в XIX веке, когда крестьяне и мещане получали фамилии по месту работы или прозвищу отца. Суднищниковы — это потомки людей, чья жизнь была связана с водой и деревянными кораблями, с верфями, где стучали топоры и пахло смолой.