Фамилия Сухонцева — женская форма от Сухонцев, и её разбор стоит начать не с корня, а с редкости суффикса. В русских фамилиях чаще встречаются -ов/-ев, -ин, -ский, а вот -цев (или -цов) — более редкая модель. Она указывает на происхождение от прозвища или названия жителя по месту, но в данном случае работает иначе.

Основа фамилии — «Сухоня» или «Сухонец». Это древнерусское прозвище, которое давали худощавому, сухопарому человеку. Корень «сух-» (от «сухой») в прозвищах означал не только телосложение, но и скупость, чёрствость или даже постный образ жизни. Вариант «Сухоня» встречается в старых псковских и новгородских грамотах XV–XVI веков: так могли прозвать и крестьянина, и ремесленника. Прибавка суффикса -ец (Сухонец) давала значение «сын Сухони» или просто «тот, кого зовут Сухонец» — уменьшительно-уничижительная форма, характерная для северо-западных земель.

Суффикс -цев в фамилии — это притяжательный падеж множественного числа: «чей?» — «Сухонцев», то есть «из рода Сухонца». Такая модель (прозвище + -ец + -ев) встречается реже, чем стандартная (-ов), и часто бытовала в среде посадских людей и крестьян, а не дворян. Дворяне предпочитали фамилии на -ов/-ев от полных крестильных имён, а здесь — явное прозвище, что указывает на непривилегированное происхождение носителей.

Географически фамилия Сухонцевы привязана к центральным и северным губерниям России. По данным переписей XIX века, чаще всего она фиксировалась в Ярославской, Костромской и Вологодской губерниях. Там слово «сухоня» бытовало в диалектах именно в значении «худой, сухой человек». Вологодская река Сухона к фамилии отношения не имеет — это народная этимология, которую ономасты отвергают: река получила имя от финно-угорского субстрата, а прозвище — чисто славянское.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Сухонцев стоит в одном ряду с Сухининым, Сухановым, Сухоруковым — все они от «сухой», но каждый со своим суффиксом. Сухонцев — самый редкий из этой группы, что делает его ценным для генеалогии: чем реже фамилия, тем проще отследить конкретную ветвь. В современной России Сухонцевых — несколько сотен человек, в основном в Центральном и Северо-Западном округах.