Фамилия Султанбегова — женская форма от Султанбегов, и её происхождение напрямую связано с двумя тюркскими словами: «султан» (властитель, правитель) и «бек» (князь, господин). Сложносоставное имя Султанбек в дореволюционной Средней Азии и на Кавказе давали мальчикам в знатных или просто уважаемых семьях, подчёркивая высокий статус и пожелание власти. Фамилия образована по русской модели: к основе на -бек прибавили суффикс -ов, а затем — типичное для женщин окончание -а.

В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, которые произошли от крестильных имён или прозвищ, Султанбегова — яркий пример фамилии, принесённой в Российскую империю из мусульманской среды. Такие фамилии массово фиксировались у народов Дагестана, Азербайджана, а также у татар и башкир в XIX — начале XX века, когда горцы и кочевники получали паспорта и воинские списки с «обрусевшими» окончаниями. Поэтому носительница фамилии почти наверняка имеет корни в одной из этих этнических групп.

Интересно, что двойной титул «султан-бек» встречается не везде: в некоторых тюркских языках «бек» мог обозначать скорее военного предводителя, а «султан» — духовного или светского правителя. Складываясь в одно имя, они усиливали друг друга, создавая значение «господин над господами» или «царственный князь». Встречаются варианты написания через «-оглы» (Султанбеков, Султанбек оглы), но форма на -ова закрепилась именно в российском документообороте.

Сословно предки Султанбеговой, скорее всего, относились не к крестьянам, а к привилегированным слоям — местной знати, старшинам или зажиточным землевладельцам. Однако после революции и коллективизации фамилия утратила сословный оттенок и теперь говорит лишь о происхождении, а не о статусе. Если искать её географию, самые плотные очаги — Дагестан (особенно кумыкские и аварские районы) и Азербайджан, реже — Татарстан и Башкортостан.