Фамилия Сундаков — редкий случай, когда основа не лежит на поверхности и не поддаётся простому объяснению через распространённые славянские корни. Наиболее вероятная версия связывает её с тюркским словом «сундак» или «сундук» — в переносном смысле так могли называть крепкого, плотного, «сбитого» человека или, напротив, скрытного и замкнутого, «закрытого как сундук». Менее распространённая гипотеза возводит фамилию к древнетюркскому мужскому имени Сундак, которое, в свою очередь, могло означать «воин» или «герой» (от «сун» — войско). В пользу тюркского происхождения говорит и то, что фамилия встречается в регионах с исторически сильным татарским и башкирским влиянием — в Поволжье, Приуралье, а также в некоторых казачьих областях.

Морфологически фамилия образована по стандартной русской модели: к основе «Сундак» присоединён патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Сундаков, то есть сын Сундака). Фамилия относится к типичным «прозвищным» фамилиям, которые в XV–XVII веках получали выходцы из нерусских народов, оседавшие на русских землях и принимавшие православие. В таком случае прозвище Сундак могло закрепиться за первопредком как бытовое имя, а потом уже перешло к потомкам в качестве фамилии.

Интересно, что у фамилии есть близкий «двойник» — Сундуков, образованный от того же корня, но через более привычное для русского уха слово «сундук». Разница в одной букве могла возникнуть из-за особенностей местного произношения или записи в церковных книгах: в некоторых диалектах «у» после «н» звучало как редуцированный звук, что привело к написанию через «а». Поэтому не исключено, что часть современных Сундаковых — это потомки тех же Сундуковых, чья фамилия со временем изменила написание.

Сословный состав носителей фамилии пёстрый: в переписных книгах XVIII–XIX веков Сундаковы встречаются и среди государственных крестьян, и среди однодворцев (особенно в Курской и Воронежской губерниях), и в купеческих гильдиях. Известных исторических личностей с этой фамилией, вошедших в энциклопедии, нет, что делает её типичной «фамилией простого человека», чья история хранится в метрических книгах и ревизских сказках.