Фамилия Сусакин образована от прозвища или нецерковного имени Сусака. В основе лежит слово «сусак» — так в русских говорах называют болотное растение, известное также как «рогоз» или «камыш». Прозвище Сусака мог получить человек, живший у болота, занимавшийся заготовкой камыша или просто высокий и худой, похожий на это растение. Впрочем, у слова «сусак» есть и другое значение — в некоторых диалектах так называли холодное, сырое место, трясину. В этом случае прозвище указывало на характер местности, где жил человек.

Словообразовательная модель проста: к основе на -к- добавили патронимический суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: сын Сусаки. Мужские прозвища на -а (Сусака) в старину были обычным явлением, особенно в северных и центральных губерниях России. Поэтому фамилия Сусакин географически тяготеет к этим регионам, хотя встречается и в других местах.

Спорных версий немного. Иногда фамилию связывают с тюркским корнем «сус» — вода, но для этого нет убедительных доказательств: русская модель с суффиксом -ин слишком прозрачна, чтобы искать иноязычные объяснения. Также не стоит путать Сусакина с фамилией Сусанин: у них разные корни, хотя оба восходят к прозвищам из народной речи.

По сословному составу Сусакины — это в основном крестьяне и мещане. Фамилия не принадлежала к дворянским родам, не фиксируется в старинных боярских списках. В документах XVIII–XIX веков её носители встречаются в переписях крестьян Вятской, Костромской и Вологодской губерний — тех самых краях, где болотные растения давали людям и пропитание, и прозвища.