Фамилия Сусакова образована от мирского имени или прозвища Сусак, и в её основе лежит название травянистого растения семейства Сусаковаых. Сусак — это род растений, который встречается в умеренном поясе Евразии и занесён в Северную Америку; в России он произрастает почти повсеместно по берегам водоёмов, в стоячей и медленно текущей воде, на болотистых лугах, а также как сорняк на рисовых полях. Корневище сусака богато крахмалом и пригодно в пищу, что делало растение заметным в хозяйственном быту.

Словообразовательная модель фамилии проста и типична для русских отчеств: к основе Сусак добавлен суффикс -ов, а затем окончание -а, указывающее на женскую форму. Мужской вариант — Сусакова, точнее, Сусаков, — закрепился как фамилия в мужском роде, а Сусакова — это форма, которую носят женщины. Такая модель характерна для фамилий, возникших в XVI–XVII веках, когда мирские имена и прозвища превращались в наследственные семейные обозначения.

Существуют две основные версии происхождения основы. Первая: имя Сусак давали младенцу как оберег, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего. Родители надеялись, что к нему перейдут полезные качества, которыми наделён избранный представитель растительного мира, — в данном случае выносливость, неприхотливость и способность расти у воды. Такая практика была распространена в дохристианской и раннехристианской традиции, когда имена от растений и животных служили связью человека с окружающим миром.

Вторая версия более прозаична: прозвище Сусак могло указывать на место жительства предка. Если человек жил в болотистой местности или у водоёма, где обильно рос сусак, соседи легко могли закрепить за ним это прозвище. Позже оно перешло в фамилию, зафиксировав географическую привязку рода. Эта гипотеза выглядит правдоподобнее для случаев, когда имя не несло обережного смысла, а просто описывало среду обитания человека.

Стоит отметить, что фамилия Сусакова не относится к числу распространённых, что типично для фамилий, образованных от названий конкретных растений. В отличие от, скажем, фамилий от имён типа Иванов или Петров, она сохраняет связь с локальной природой и бытом. Встречается она преимущественно в регионах с обилием водоёмов и болотистых лугов — в средней полосе России, Поволжье и на Урале, где сусак был хорошо знаком крестьянам.

Ономастические справочники, включая работы Б. Унбегауна по русским фамилиям, подтверждают, что прозвища от названий растений и животных были обычным источником фамилий. Однако точных данных о конкретных носителях фамилии Сусакова в исторических документах мало, поэтому говорить о каком-то одном знаменитом роде с этой фамилией преждевременно. Это скорее фамилия, которая рассказывает о жизни простых людей, тесно связанных с природой и землёй, — рыбаков, крестьян или жителей прибрежных деревень.