Фамилия Сушуков образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — с помощью суффикса -ов. Она указывает на принадлежность к главе семьи: Сушук — так в народе могли называть человека, а его дети и потомки получали фамилию Сушуковы, то есть «из рода Сушука». Основа Сушук — это некалендарное личное имя или прозвище, которое бытовало в русских говорах.

В основе прозвища, скорее всего, лежит слово «сухой» в одном из его переносных значений. В диалектах «сушук» или «сушак» — это не только сухой человек физически (худощавый, жилистый), но и тот, кто кажется чёрствым, неэмоциональным, замкнутым. В некоторых регионах так могли прозвать человека, который любил сухую пищу, или, напротив, того, кто жил впроголодь, «на сухомятке». Вторая версия, менее вероятная, но возможная: связь с глаголом «сушить» — в значении «печалить», «томить», то есть прозвище могло закрепиться за человеком с тяжёлым, тоскливым нравом.

Интересно, что фамилия Сушуков встречается заметно реже, чем однокоренные Сушков или Сушин. Это говорит о том, что её носители, вероятно, происходят из относительно узкого ареала — из северных или центральных губерний России, где форма «сушук» была употребительна. В некоторых говорах, например, вятских и вологодских, слово «сушук» фиксировалось именно как прозвище сухопарого человека.

С точки зрения социальной истории, фамилия Сушуков — крестьянская или мещанская. Она не встречается среди старых дворянских родов, и это закономерно: прозвища, описывающие внешность или характер, были типичны для непривилегированных сословий, где фамилии закрепились позже, в XVII–XIX веках. Никаких спорных версий о тюркском или ином иноязычном происхождении у этой фамилии нет — корень чисто славянский, прозрачный для этимологии.