Фамилия Сусликарий — случай редкий и, на первый взгляд, неожиданный. В русской ономастике нет суффикса, который бы прямо указывал на её происхождение: окончание -ий наводит на мысль о латинском или искусственном книжном образовании. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а переоформленная фамилия из другой языковой среды, вероятнее всего, из польской или украинской, где суффикс -арий (-ariusz) встречается чаще.

Основа «суслик» здесь работает как прозвище. Суслик в народной культуре — зверёк полевой, юркий, но не самый уважаемый: его могли назвать так за суетливость, худобу, любовь к спячке или за то, что человек «свистит», как суслик. В польском языке есть фамилия Suslik, а также формы с суффиксом -ariusz, обозначающие деятеля: «сусликарий» могло означать «тот, кто ловит сусликов» или «тот, кто разводит сусликов», хотя это звучит нарочито. Более вероятно, что это прозвище получил человек, чем-то напоминавший суслика — внешне или повадками.

Суффикс -арий в славянских фамилиях часто указывает на латинизированное оформление: так могли «облагородить» простое прозвище в шляхетской среде Речи Посполитой. Встречаются фамилии вроде Ковальский, Гончарский — и Сусликарий мог возникнуть по той же модели, как насмешливое или, наоборот, книжное прозвище. В русских документах такая фамилия не фиксируется вплоть до XX века, что подтверждает её западное происхождение.

Географически корни фамилии стоит искать на западе современной Украины, в Беларуси или в юго-восточной Польше. Именно там фамилии с основой «суслик» (Суслик, Сусликов, Суслицкий) встречаются в метриках. Вариант Сусликарий — очевидная унификация под латинский или польский образец, возможно, данная при записи в церковные книги священником, любившим «учёные» формы.

Версия, что фамилия произошла от вымышленного или редкого имени, не подтверждается: в святцах и народных именниках такого имени нет. Так что наиболее правдоподобное объяснение — прозвище, переработанное через польский суффикс -ariusz, которое закрепилось за одним родом. Носителям фамилии стоит искать своих предков в метриках униатских или католических приходов западных губерний Российской империи.