Фамилия Свергунова — женская форма фамилии Свергунов, которая образована от прозвища Свергун. В основе лежит древнерусский глагол «свергать» — бросать, скидывать, опрокидывать. Прозвище Свергун могли дать человеку резкому, порывистому или тому, кто занимался сбрасыванием чего-либо (например, сена с воза, камней, снега с крыш). В говорах встречается и другое значение: «свергуном» называли беспокойного, непоседливого ребёнка, который всё время вертится и падает.

Суффикс -ун в прозвище Свергун активен в русской и украинской антропонимии. Он образует названия лиц по действию: бегун, крикун, говорун. В фамилиях такие прозвища часто закреплялись без дополнительных изменений, а затем оформлялись типичным русским патронимическим суффиксом -ов. Таким образом, Свергунов — сын Свергуна.

Фамилия встречается нечасто, что говорит о её локальном происхождении. По данным исторических записей, крестьяне и посадские люди с фамилией Свергуновы фиксируются в Вятской и Пермской губерниях. В этих регионах глагол «свергать» и производные от него слова были в ходу в бытовой речи, что подтверждает народную, а не книжную природу прозвища.

Вариант написания с ударением на последний слог — Свергуно́ва — характерен для севернорусского акающего говора, где окончание -ова произносится как -о́ва. В центральных и южных областях ударение смещается на второй слог: Свергу́нова. Разница в произношении не меняет смысла фамилии, но может указывать на регион, где жили предки.

Иногда фамилию ошибочно связывают со словом «свергнуть» в политическом смысле (свергнуть царя). Это вторичная ассоциация: прозвище возникло задолго до революционных событий, в XVI–XVII веках, когда фамилии у крестьян только начинали складываться.