Фамилия Сынчишина — женская форма фамилии Сынчишин, и её разбор стоит начать не с корня, а с редкого суффикса. В русских фамилиях часто встречаются суффиксы -ов/-ев, -ин, -ский, но здесь мы видим -ишин. Это вариант патронимического суффикса -ич/-ич-ин, характерного для западнорусских и украинских земель, где отчество на -ич могло перейти в фамилию через форму «чей?» — «Сынчишин» буквально означает «чей? — Сынчишин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Сынчиша.

Основа фамилии — Сынча, Сынчиша. Это уменьшительная форма от имени Сын. Звучит неожиданно, но в древнерусской антропонимии имя Сын было вполне реальным: его давали ребёнку как оберег или как указание на младшего в семье. В документах XV–XVII веков встречаются люди с именем Сынок, Сынко, Сынча. Прозвище Сынчиша могло закрепиться за самым младшим сыном или за тем, кого так называли в детстве и кто потом передал это прозвище потомкам.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским регионам. Суффикс -ишин, а не -ич, указывает на то, что фамилия формировалась в зоне влияния польской или белорусской ономастической традиции, где -ишин — притяжательная форма. Встречается она в основном в Воронежской, Курской, Ростовской областях и на востоке Украины. Среди носительниц фамилии Сынчишина много людей с крестьянскими корнями: фамилия не дворянская, не купеческая, а типичная крестьянская, образованная от личного имени или прозвища без привязки к роду занятий.

Есть и альтернативная версия: связь со словом «сын» могла быть не прямой, а через прозвище Сынчиша, данное человеку, который постоянно называл всех «сынок» или был похож на сына кого-то важного. Но эта гипотеза слабее — проще и правдоподобнее считать, что фамилия ведёт начало от конкретного человека с именем Сынча, которого в быту звали Сынчиша. В любом случае, фамилия Сынчишина — редкий пример того, как обыденное слово «сын» стало основой для фамилии, сохранившейся до наших дней.