Фамилия Табакера — редкий случай, когда русская по форме фамилия образована не от русского, а от заимствованного слова, причём с необычным суффиксом. В основе лежит слово «табакерка» (коробочка для табака), но в фамилии оно выступает в устаревшем или диалектном варианте «табакера». Суффикс -а, характерный для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, указывает на прозвищное происхождение: Табакерой могли назвать мастера, делавшего табакерки, торговца ими или человека, который постоянно носил такую коробочку с собой.

Слово «табакера» в русских говорах фиксируется с XVIII века как просторечная форма от «табакерка». В отличие от фамилий на -ов/-ев (Табакеров, Табакерков), форма Табакера сохранила исходное окончание прозвища без патронимического суффикса. Это характерно для южных и западных регионов Российской империи, где фамилии часто закреплялись в виде чистого прозвища. Встречается она преимущественно на территории современной Украины и в прилегающих областях России.

С точки зрения социального контекста, носитель прозвища Табакера, скорее всего, был ремесленником или мелким торговцем. Табакерки в XVIII–XIX веках были предметом не первой необходимости, но и не роскоши: их изготавливали из дерева, кости, металла, и спрос на них был устойчивым. Мастерская по производству табакерок — вполне реальная профессия для предка.

Спорных версий у фамилии почти нет. Единственное, что можно предположить — связь с фамилией Табак (от слова «табак»), но суффикс -ера меняет значение: это не «табачник», а именно «табакерка». В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования рассматриваются как прозвища от названий предметов быта, и Табакера вписывается в этот ряд.

Таким образом, фамилия Табакера — профессиональное прозвище, закрепившееся в южнорусской или украинской среде. Она нечастая, но её происхождение прозрачно: предок либо делал табакерки, либо торговал ими, либо получил это прозвище за привычку постоянно держать табакерку при себе.