Фамилия Табаткин — из числа тех, что образованы от прозвищ, и её основа лежит на поверхности: табатка, табатчик. В русских говорах так называли мелкого торговца табаком, а ещё чаще — человека, который нюхал или курил табак, порой неумеренно. Прозвище Табатка могли дать и за привычку, и за род занятий: на ярмарках и в городах табатчики ходили с лотками, продавая махорку и листовой табак по щепоткам. Другие однокоренные фамилии — Табаков, Табачников, Табачков — построены по той же модели, но Табаткин выделяется суффиксом -к- в основе, который придаёт слову уменьшительно-пренебрежительный оттенок: не просто «торговец табаком», а «табачок, табатишка». Это указывает скорее на бытовое, даже уличное прозвище, а не на официальное ремесло.

По словообразовательному типу Табаткин — притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, типичным для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ на -а/-я. «Чей? — Табаткин сын», то есть сын человека по прозвищу Табатка. Такая модель особенно распространена в северных и центральных губерниях России, где -ин доминирует над -ов. Встречаемость фамилии сегодня невысока, но она уверенно держится в Поволжье и на юге Урала — в регионах, где в XIX веке активно селили бывших крепостных и однодворцев, а табачная торговля была делом ходовым.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Табаткин не упоминается отдельно, но входит в гнездо фамилий от «табак». Спорных версий немного: иногда основу пытаются связать с диалектным «табатать» (болтать, пустословить), но это натяжка — слово редкое и локальное, а связь с табаком очевиднее и подтверждается массой параллельных фамилий. Так что предок Табаткиных, скорее всего, был либо торговцем табаком, либо заядлым нюхальщиком, получившим прозвище за дымный след, который он оставлял за собой.