Фамилия Табунников — один из ярких примеров «профессиональных» фамилий, образованных от названия занятия. В основе лежит слово «табунщик» — пастух, который пасёт табуны лошадей. Суффикс -ник- в русских фамилиях указывает на лицо по роду деятельности (ср. Мельников, Плотников, Сапожников), а фамильный суффикс -ов добавляет значение принадлежности: Табунников буквально означает «сын табунщика» или «из семьи табунщика».

Интересно, что слово «табун» — тюркского происхождения (сравните татарское «табын», казахское «табын»), что указывает на степную, кочевую традицию коневодства. Однако сама фамилия — чисто русская, появившаяся в тех краях, где лошадей держали большими группами: на юге, в Поволжье, в Сибири. Предок носителя фамилии, скорее всего, был не просто пастухом, а ответственным за целый табун — занятие требовало выносливости, смелости и знания лошадиного нрава.

В отличие от более распространённой фамилии Табунов (от прозвища «Табун»), Табунников подчёркивает именно профессиональную принадлежность, а не личную характеристику. Встречается она реже, что делает её географически более привязанной. По данным переписей XIX — начала XX века, Табунниковы чаще всего фиксировались в Воронежской, Саратовской и Оренбургской губерниях — регионах традиционного табунного коневодства.

Словообразовательный разбор прост: корень «табун», суффикс «-ник», фамильный суффикс «-ов». Вариант написания с одной «н» (Табуников) — возможная, но редкая орфографическая ошибка, так как исходное слово — «табунщик», где «щ» даёт сочетание «нщ», и в фамилии закономерно пишется двойное «н».