Фамилия Тимофеенко относится к распространенному типу украино-белорусских фамилий и образована от крестильного имени Тимофей. Мужское крестильное имя Тимофей в переводе с древнегреческого означает«почитающий бога». Поэтому Тимофеенко буквально понималось как «сын Тимофея».