Фамилия Тимофеев — одна из тех, что образованы напрямую от полной формы крестильного имени, и это уже о многом говорит. В основе лежит каноническое мужское имя Тимофей, которое пришло на Русь вместе с христианством из Византии. В древнегреческом языке оно звучало как Timotheos и складывалось из двух частей: time — «почитание, честь» и theos — «бог». То есть Тимофей — это «почитающий бога». Имя было настолько популярно у русских в прошлые века, что сейчас почти вышло из употребления, но оставило после себя заметный след в фамилиях.

Покровителем имени считают апостола Тимофея, одного из семидесяти учеников Христа, верного спутника апостола Павла. Память его церковь отмечает 4 февраля (22 января по старому стилю). Именно от этого имени и пошла фамилия: потомка человека по имени Тимофей начинали звать Тимофеевым — «сын Тимофея». Суффикс -ев здесь стандартный для русских отчеств, перешедших в фамилии, и указывает на принадлежность роду.

Важная деталь: фамилии от полных форм имени в старину чаще получала социальная верхушка — знать или семьи, пользовавшиеся в своей местности авторитетом. Соседи уважительно звали таких людей полным именем, тогда как прочих обычно кликали уменьшительными и обиходными формами. Поэтому фамилия Тимофеев изначально несла оттенок уважения к родоначальнику, хотя со временем распространилась очень широко и сегодня входит в сотню самых частотных русских фамилий.

Исторические документы подтверждают древность рода. В «Актах смутного времени», «Книгах разрядных» и «Дворцовых разрядах» упоминаются многие Тимофеевы — дьяки, подьячие, служивые люди XV–XVI веков. Встречаются они и в «Истории русского флота»: в 1717 году Пётр I послал в Голландию «в числе посадских детей» на обучение Владимира и Якова Тимофеевых. Эта деталь любопытна тем, что показывает: фамилия бытовала не только среди знати, но и среди посадского люда, который благодаря царской воле получал возможность выбиться в люди.

Единого начала, объединяющего все роды Тимофеевых, нет — фамилия возникала в разных местах независимо, у разных сословий. Род Тимофеевых вносили в Родословные книги Тверской, Курской, Калужской и других губерний. При этом документально достоверно можно проследить одну дворянскую ветвь: родоначальником её считают Тимофея Никифоровича Тимофеева. Из дворянского дела его сына Виктора Тимофеевича известно, что право на личное дворянство Тимофей Никифорович получил в 1805 году по чину 8-го класса, с занесением в 3-ю часть дворянской родословной книги Петербургской губернии. В то время дворянство уже делилось на потомственное и личное, и получить его можно было не только по наследству, но и высочайшим пожалованием, а также заслужив чинами и орденами. Выходец из любого сословия, дослужившийся по «Табели о рангах» до чина 8-го класса на гражданской службе или до первого обер-офицерского чина, мог претендовать на дворянское достоинство. Тимофей Никифорович и получил его именно по чину, что для того времени было обычной, но всё же почётной практикой.

Среди известных носителей фамилии — князь Василий Иванович Тимофеев (1783–1850), генерал от инфантерии, герой Бородинской битвы; Дмитрий Фомич Тимофеев (1907–1950), один из двадцати восьми героев-панфиловцев; Николай Дмитриевич Тимофеев (1921–1999), советский актёр театра и кино. Разброс сословий и эпох здесь показателен: от древних дьяков до советских героев и артистов — фамилия прошла через всю русскую историю, не теряя своей частотности.