Фамилия Тимонякин образована от личного имени или прозвища Тимоняка — так в народе могли называть человека, носившего крестильное имя Тимон. Само имя Тимон пришло из древнегреческого языка и переводится как «почитающий». Покровителем имени считается апостол Тимон, один из семидесяти учеников Христа. От этого имени и пошла фамилия: потомки человека по прозвищу Тимоняка со временем стали Тимонякиными.

Есть и другая версия происхождения. Тимоняка может быть уменьшительной формой более распространённого имени Тимофей, которое в переводе с греческого означает «почитающий Бога». Эта гипотеза объясняет, почему в основе фамилии лежит не полная, а обиходная форма: полным именем в старину чаще называли людей из социальной верхушки, знати или тех, кто пользовался в своей местности большим авторитетом. Простых людей, выходцев из других сословий, обычно звали уменьшительными и производными именами — такими, как Тимоняка. Поэтому фамилия Тимонякин, скорее всего, указывает на человека из простонародной среды, а не на представителя знатного рода.

Фамилия встречается в исторических документах. Например, в Книге памяти Орловской области упоминается Тимонякин Алексей Андрианович, родившийся в 1882 году в селе Гладкое Мценского района. Он работал кладовщиком Черемошенской МТС. Эта запись — редкое документальное свидетельство, которое привязывает фамилию к конкретной местности и показывает, что носители её были людьми трудовыми, связанными с землёй и сельским хозяйством.

Сама модель образования фамилии — через суффикс -ин — типична для русских фамилий, отвечающих на вопрос «чей?». Тимонякин значит «сын Тимоняки». Такая форма характерна для северных и центральных регионов России, что косвенно подтверждает орловское происхождение конкретной ветви рода.

Безусловно, фамилия Тимонякин — памятник славянской культуры, сохранивший в себе народную форму имени, которую уже редко услышишь в живой речи. Однако процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности. Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Тимонякин можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований, которые позволили бы проследить, как и где именно закрепилось это семейное имя.