Фамилия Тимонов (а в женском роде — Тимонова) ведет начало от крестильного имени Тимон. В церковном календаре это имя встречается нечасто, но оно есть: его носил один из семидесяти апостолов, диакон иерусалимской церкви. В переводе с древнегреческого это имя означает «почитающий», «чествующий». Так что в основе фамилии лежит не прозвище, а именно христианское личное имя, которое давали при крещении. Потомок человека по имени Тимон со временем получал прозвание Тимонов — то есть сын Тимона, а затем это прозвание закреплялось за родом уже как наследственная фамилия.

Модель образования здесь простая и одна из самых массовых в русской ономастике: суффикс -ов присоединялся к основе имени, оканчивающейся на твердый согласный. Так из имени Тимон получилась фамилия Тимонов. По такому же принципу возникли, например, Петров, Иванов или Семенов. Менее распространенная форма Тимоновых с окончанием -ых (Тимоновы) встречается в северорусских и сибирских говорах, где фамилии нередко склонялись по образцу притяжательных прилагательных множественного числа, отвечая на вопрос «чьи?».

Интересно, что имя Тимон в народной среде иногда путали с более привычным Тимофей, а потому часть носителей фамилии Тимонов на самом деле может иметь предка по имени Тимофей. Однако это разные имена: Тимофей переводится как «почитающий Бога», а Тимон — просто «почитающий». В бытовой речи разница стиралась, и в документах писарь мог записать крестьянина то как Тимона, то как Тимофея. Поэтому среди Тимоновых встречаются семьи, чьи родоначальники носили то или иное имя, но фамилия в итоге закрепилась в форме Тимонов.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно. Процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий: в среде знати они появились уже в XVI веке, а крестьянские массы обрели наследственные фамилии лишь к концу XIX века, после отмены крепостного права. Фамилия Тимонов не относится к числу древних боярских родов, но это не умаляет ее ценности. Она — живой памятник славянской письменности и культуры, сохранивший в себе редкое церковное имя, которое сегодня почти вышло из употребления.