Фамилия Токинова — женская форма, а её мужской вариант — Токинов. В основе, скорее всего, лежит прозвище или неканоническое имя Токин. Здесь работает простая и прозрачная модель: к основе на твёрдый согласный прибавили суффикс принадлежности -ов, который в русских фамилиях означал «чей?» — сын Токина, потомок Токина. Суффикс -ин здесь был бы уместен, если бы основа оканчивалась на -а или -я, но раз мы видим -ов, основа, вероятно, мужского рода.

Самое правдоподобное объяснение корня — тюркское слово «токин» или «төкин». В ряде тюркских языков (татарском, башкирском, казахском) это означает «сытый», «насытившийся», а в переносном смысле — «довольный», «зажиточный». Прозвище Токин могли дать человеку обеспеченному, не знающему голода, или, наоборот, с иронией — тому, кто вечно не прочь поесть. Встречается и значение «прямой», «ровный» (о дороге или характере), что тоже могло стать основой для прозвища.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с русским диалектным глаголом «токовать» (издавать брачные крики, как тетерев). Тогда Токин — прозвище крикливого или шумного человека, но такая версия слабее: отглагольные прозвища на -ин обычно образуются от основ на -а (Тока → Токин), а не от «токовать». Кроме того, фамилия Токинова встречается в регионах с сильным тюркским влиянием — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, что склоняет чашу весов в пользу тюркской этимологии.

С точки зрения социального контекста, фамилия Токинова — типичный пример позднего закрепления прозвища, когда крестьяне и мещане получали фамилии по личным или семейным прозвищам. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано, что тоже подтверждает её народное, неаристократическое происхождение.