Фамилия Токунова образована от прозвища Токун. В его основе лежит глагол «токовать», который В. Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» описывает как особое поведение птиц во время брачного периода. По Далю, токует только непарная птица — бекас, дупель, турухтан, стрепет, тетерев, глухарь, рябчик, куропатка, перепел, журавль. Самец в это время кричит особым, известным охотнику, голосом: бекас — барашком, дупель — как лучинку ломают, стрепет — резко и отрывисто трещит, тетерев — бормочет и пыхтит. Именно это и называют токованием.

Прозвище Токун, скорее всего, получил человек, который хорошо разбирался в птицах и их повадках. Вероятно, основатель рода Токуновых был птицеловом или охотником, умевшим подманивать птицу на току. В говорах слово «токун» могло закрепиться и за самим токующим самцом, и за человеком, который знал места токовищ и умел их находить.

Словообразовательная модель проста: к основе Токун добавляется суффикс -ов, образующий притяжательное прилагательное, а затем окончание -а по женскому роду. Так потомки человека с прозвищем Токун со временем получили фамилию Токунова. Редкость фамилии объясняется тем, что прозвище было узкопрофессиональным и бытовало в основном в охотничьей среде, в регионах, где водилась бортовая дичь — в северных и центральных губерниях России.

В отличие от распространённых фамилий, образованных от канонических имён, Токунова сохранила память о занятии предка, а не о его крестильном имени. Это делает её интересным примером «прозвищной» фамилии, которая рассказывает о быте и промысле, а не о церковной традиции. Иногда Токунову путают с фамилией Токарева, но корни у них разные: Токарев восходит к ремеслу токаря, а Токунова — к птичьему току.