Фамилия Толькова — женская форма фамилии Тольков. В основе, скорее всего, лежит нецерковное имя или прозвище Толька. В русских говорах «толька» означает «толк, польза, смысл», а также может быть краткой формой имени Анатолий (Толя, Толька). Таким образом, прозвище Толька могли дать человеку рассудительному, дельному, умеющему «толк в деле знать» — либо же просто домашнему Толе.

Суффикс -ов в фамилии Тольков — классический патронимический, указывающий на принадлежность: «сын Тольки». Такая модель была самой распространённой в центральной России в XVI–XVII веках. Фамилия Толькова встречается реже, чем однокоренные Толков и Толкачёв, но в некоторых регионах (например, в Вологодской и Кировской областях) фиксируется с XIX века.

Интересно, что в северных говорах слово «толька» имело ещё одно значение — «толстая верёвка, канат». Если прозвище дали по этой примете, то предок мог быть канатчиком или лодочником, работавшим с такелажем. Однако первая версия — от имени или свойства характера — выглядит правдоподобнее: в ономастике такие прозвища, как Толк, Толкун, встречаются чаще, чем прозвища по верёвке.

В современном русском языке фамилия Толькова нередко воспринимается как вариант фамилии Толкова (с утратой взрывного звука в потоке речи), но исторически это самостоятельное образование. Носительницы фамилии могут обнаружить корни в крестьянской среде северных или центральных губерний, где имя Толька было обиходным.