Фамилия Тонкошкуренко — характерный пример украинской модели фамилии на -енко, которая в XVII–XVIII веках распространилась на Левобережной Украине и позже закрепилась у потомков казацкой старшины и крестьян. Суффикс -енко в украинской ономастике означает «сын» или «потомок», так что Тонкошкуренко — это буквально «сын Тонкошура» или «потомок Тонкошкура».

Основа фамилии — прозвище Тонкошкур, которое сложено из двух корней: «тонкий» и «шкура». Скорее всего, так называли человека с чувствительной, тонкой кожей, который легко получал ссадины или плохо переносил холод. Но есть и вторая, более бытовая версия: в говорах «шкурой» называли не только кожу, но и одежду. Тонкошкуром могли прозвать бедняка, который ходил в худой, тонкой одежде — то есть «в тонкой шкуре». Такие прозвища давали без злого умысла, по внешнему признаку.

В русских и украинских фамилиях встречаются параллельные формы: Тонкошкур (без суффикса) и Тонкошкуров (с русским -ов). Тонкошкуренко — самая редкая ветвь, характерная для центральных и восточных областей Украины. В переписях XIX века носители фамилии чаще всего записаны как крестьяне или мещане, но в казацких реестрах XVII века следов не сохранилось — видимо, прозвище бытовало в среде простого люда.

Ошибочно было бы связывать фамилию с профессией кожевника или скорняка: для этого существовали прозвища от «шкура» с глагольными корнями (например, Шкуродёр). Тонкошкуренко — чисто описательное прозвище, без ремесленного оттенка. Так что предки носителя этой фамилии, скорее всего, не выделялись ни богатством, ни знатностью, но запомнились окружающим какой-то внешней чертой — то ли нежной кожей, то ли худой одеждой.