Фамилия Топарина — женская форма фамилии Топарин, и её происхождение ведёт к прозвищу или мирскому имени, связанному с диалектным словом «топарь». В южнорусских и украинских говорах так называли плотника или столяра, а также человека, который рубит, тешет или режет. В основе лежит глагол «топати» (рубить, обтёсывать) или существительное «топор» в его диалектной огласовке. Таким образом, первый носитель фамилии Топарин мог быть мастером по дереву — строителем, бондарем или резчиком.

Модель образования типична для русских фамилий: основа Топар- плюс суффикс -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «сын Топаря» или «из семьи Топаря». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образуются от имён или прозвищ с твёрдой основой, -ин характерен для основ на -а/-я. Топаря — так в быту могли звать человека по ремеслу, и его дети получали фамилию Топарины.

Географически фамилия тяготеет к югу России, особенно к Ростовской, Воронежской и Волгоградской областям, а также встречается на Украине. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, она возникла в одном или нескольких сёлах, где жили плотники с таким прозвищем, и не получила широкого распространения через переселения.

Любопытно, что в некоторых говорах слово «топарь» имело и переносное значение — «неуклюжий, грубоватый человек». Но вряд ли фамилия пошла от этого: ремесленные прозвища давали по делу, а не по характеру. Сравните с фамилиями Топорков, Топорищев — все они из одного гнезда, но Топарина стоит особняком из-за суффикса -арь, который в русских прозвищах редок и говорит о более конкретной, узкой специализации.