Фамилия Топченко образована по типичной для восточной и центральной Украины модели с суффиксом -енко, который исторически означал «сын» или «потомок». В основе лежит прозвище или мирское имя Топка, а оно, в свою очередь, восходит к глаголу «топтать». Значение могло быть как прямым — человек, который мнет, утаптывает (например, землю, глину, сено), так и переносным, связанным с характером или поведением.

Самая очевидная версия — профессиональная. На Украине и юге России топтание было частью нескольких ремесел. Топкой могли назвать того, кто месил глину ногами для саманного кирпича или гончарного дела, — тяжелая и грязная работа, которую поручали сильным, но неискушенным в тонкостях ремесла людям. Другой вариант — работник на току, который обмолачивал зерно, гоняя лошадей по снопам, или просто сторож, «топтавший» участок.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «топка» — так в некоторых говорах называли печь, но для фамилии Топченко это редкий случай, так как суффикс -енко обычно указывает на отчество от личного прозвища, а не от названия предмета. Также не стоит путать фамилию с однокоренной Топчиев, где основа «топчи» — прямая форма повелительного наклонения («топчи!»), что тоже могло быть прозвищем-приказом.

Географически фамилия Топченко распространена в основном на левобережной Украине, особенно в Полтавской, Сумской и Черниговской областях, а также в прилегающих регионах России. Это указывает на ее казачью или крестьянскую среду: именно в этих землях в XVII–XVIII веках активно формировались фамилии на -енко, вытесняя более архаичные отчества.

Словообразовательная модель проста: основа Топк- + суффикс -енко. Ударение в фамилии обычно падает на второй слог — Топче́нко, что тоже типично для украинских фамилий с этим суффиксом. Встречается вариант с ударением на первый слог, но он считается просторечным или диалектным.