Фамилия Товкан — редкий случай, когда основа прозвища не имеет очевидных параллелей в русском языке, но зато хорошо объясняется через украинские и белорусские говоры. Слово «товкан» могло быть производным от глагола «товкти» — толочь, дробить, бить. В таком случае прозвище Товкан давали человеку с тяжёлой рукой, драчуну или, наоборот, тому, кто занимался толчением чего-либо — например, растирал зерно в ступе. Звукоподражательная природа корня («товк» как глухой удар) делает эту версию основной.

Менее вероятна, но допустима связь с диалектным «товкач» — так в некоторых областях называли упрямого или медлительного человека. В этом случае суффикс -ан указывает на лицо по характерному признаку, как в словах «болван», «грубиян». Фамилия Товкан могла закрепиться за носителем такого прозвища в среде, где ценили расторопность, а её отсутствие высмеивали.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским землям. Наибольшая концентрация носителей фиксируется в Брянской области и на юге Псковщины — зонах, где исторически переплетались русские, белорусские и украинские говоры. Встречается она и на Украине, в основном в Черниговской и Сумской областях. Это указывает на то, что фамилия сформировалась на общей восточнославянской почве, а не была принесена извне.

Словообразовательная модель проста: основа «товк-» плюс суффикс -ан, образующий существительное со значением лица. Фамилия не получила патронимического суффикса -ов или -ин, что для русских фамилий редкость. Такая бессуффиксная форма (Товкан, а не Товканов) характерна для украинской и белорусской традиции, где прозвища часто переходили в фамилии без изменений. Это ещё один аргумент в пользу юго-западного происхождения.

Встречается вариант написания с одной «н» — Товкан, что не меняет этимологии. Известных исторических деятелей с этой фамилией не зафиксировано, что типично для прозвищной фамилии, возникшей в крестьянской или ремесленной среде и не попавшей в дворянские родословные книги.