Фамилия Трихоненкова — редкий пример «женской» формы от фамилии Трихоненков, которая, в свою очередь, образована от мужского имени или прозвища Трихон. В основе лежит диалектная или просторечная версия крестильного имени Трифон (от греческого «трифеон» — «живущий в роскоши», «нежный»). В русских говорах звук «ф» часто заменялся на «х»: Трихон вместо Трифон. Такое произношение было особенно распространено в северных и центральных областях России, где сталкивались церковнославянская и народная речевые традиции.

Суффикс -енков указывает на модель образования, типичную для южнорусских и, особенно, украинских фамилий. Формант -енко (в русской адаптации -енков) означает «маленький», «сын» или «потомок». Трихоненков — буквально «сын Трихона». А окончание -а в женском варианте (Трихоненкова) — стандартное грамматическое оформление для женщин в русской фамильной системе, часто встречающееся в документах XIX–XX веков, когда фамилии ещё не были полностью закреплены за родом.

Географически фамилия тяготеет к областям, где активно использовались уменьшительные и патронимические формы на -енко: Курская, Воронежская, Белгородская губернии, а также приграничные районы Украины. В переписных книгах и метрических записях XVII–XVIII веков Трихон могло быть не только формой имени Трифон, но и самостоятельным прозвищем, данным человеку по имени отца или по его собственному имени, которое в быту звучало именно так.

Спорных версий происхождения у фамилии немного. Иногда её ошибочно связывают с греческим «триха» (волос) или с тюркскими корнями, но это маловероятно: словообразовательная модель (суффикс -енко, основа на -он) и фонетика (замена «ф» на «х») типично славянские и хорошо соответствуют народной адаптации христианских имён. Единственная альтернатива — связь с прозвищем Трихон от глагола «трихать» (трясти, болтать) в некоторых диалектах, но эта версия слабее, так как имя Трифон было широко распространено, а глагол — локальным и редким.

Таким образом, предки носительницы фамилии Трихоненкова с большой вероятностью были крестьянами или мещанами из южнорусских регионов, а сама фамилия — это «паспорт» на происхождение от человека, которого в обиходе звали Трихоном, то есть Трифоном по-простому.