Фамилия Трифоненкова — женская форма, а её основа — мужская фамилия Трифоненков. Эта фамилия образована по редкой для русского языка модели: суффикс -енк- (в родительном падеже — Трифоненко) плюс притяжательный суффикс -ов. Получается двойной патроним: сначала от имени Трифон сделали украинское или белорусское отчество Трифоненко («сын Трифона»), а затем его «обрусели» добавив -ов, что значит «чей?» — Трифоненков. Такой гибрид характерен для тех регионов, где встречались украинская и русская традиции именования — например, на юге России, в бывших Слободской Украине или Новороссии.

Само имя Трифон — греческого происхождения, от слова «трифе» — нежность, роскошь, жизнь в удовольствие. В святцах это имя носил мученик Трифон, которому молятся от нашествия грызунов и вредителей. На Руси имя было популярно среди крестьян и купцов, но к XIX веку стало встречаться реже, уступив место более «модным» именам. Поэтому фамилия Трифоненков (и Трифоненкова) — нечастая, её носители — потомки человека, которого в семье звали Трифоном, а его сына — Трифоненко.

С точки зрения сословной принадлежности, Трифоненковы — почти наверняка крестьянский род. Фамилии с суффиксом -енко в русской среде фиксировались в основном после отмены крепостного права, когда крестьянам массово давали фамилии по имени отца. Двойная модель (-енко + -ов) могла возникнуть в документах при переписи, когда писарь, привыкший к русским окончаниям, переделывал украинскую фамилию на свой лад. Так что предки носительницы фамилии Трифоненкова, скорее всего, жили на стыке двух культур — украинской и русской, возможно, на территории нынешних Курской, Воронежской или Ростовской областей.

В современных справочниках фамилия Трифоненков не входит в число распространённых. Её однокоренные варианты — Трифонов, Трифоненко, Трифанов — встречаются чаще. Сама форма Трифоненкова сохраняет память о том, что основатель рода носил имя Трифон, а его дети именовались по-малороссийски — с суффиксом -енко.