Фамилия Трифоненко относится к распространенному типу украино-белорусских фамилий и образована от крестильного имени Трифон. Мужское крестильное имя Трифон в переводе с греческого означает «нежный». Поэтому Трифоненко буквально понималось как «сын Трифона».