Фамилия Трифонихина — женская форма фамилии Трифонихин, которая образована по редкой и яркой модели, характерной для северных и сибирских говоров русского языка. В основе лежит суффикс -их-, который в русской ономастике указывал на принадлежность к главе семьи: Трифониха — это жена или вдова человека по имени Трифон. Со временем прозвище «Трифониха» закрепилось за целым родом, а затем превратилось в фамилию, которая отвечает на вопрос «чей?» — «Трифонихины».

Само имя Трифон — древнегреческого происхождения, от слова «трифе» — «нега, роскошь» или «трифон» — «живущий в роскоши». В православных святцах это имя связано с мучеником Трифоном, которого на Руси почитали как покровителя охотников и садоводов, а также как целителя от болезней. Таким образом, родоначальник фамилии мог быть назван в честь святого или просто носить распространённое в прошлом имя Трифон.

Географически фамилия Трифонихина тяготеет к северу России: в первую очередь к Архангельской, Вологодской областям и Поволжью. Именно в этих регионах активно бытовала модель образования фамилий через суффикс -их- / -ых, которая в центральных губерниях встречалась реже. В отличие от стандартных фамилий на -ов и -ин, такие формы лучше сохраняли память о женском прозвище главы дома.

С точки зрения словообразования, фамилия примечательна тем, что она не перешла в более привычную форму «Трифонов» или «Трифонин», а осталась в архаичном варианте, прямо указывающем на семейную принадлежность. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Трифонов встречается повсеместно и чаще, а Трифонихин — редкий вариант, который сразу выдаёт северные корни предков.

Носительница фамилии Трифонихина может с высокой вероятностью предполагать, что её предки жили на Русском Севере или в Заволжье, а основатель рода носил имя Трифон и был, скорее всего, крестьянином или посадским человеком, так как в дворянской среде такая модель фамилий почти не применялась. Фамилия сохранилась в неизменном виде, что говорит о её устойчивости и локальной традиции передачи прозвищ по женской линии.