Фамилия Трифонкова — женская форма фамилии Трифонков, и построена она по простой и распространённой модели: к основе мужской фамилии на -ов добавили окончание -а. Сама же фамилия Трифонков ведёт начало от крестильного имени Трифон. Это имя греческого происхождения, в переводе означающее «живущий в роскоши» или «нежный». В святцах оно связано со святым мучеником Трифоном, которого на Руси почитали как покровителя охотников и помощника в избавлении от грызунов и насекомых-вредителей.

В основе фамилии лежит не само имя, а его обиходная форма — Трифонко. Суффикс -к- в русских именах был уменьшительно-ласкательным, но при образовании фамилий он часто закреплялся за человеком как постоянное прозвище или официальное именование. То есть Трифонков — буквально «сын Трифонка», то есть потомок человека, которого в быту звали Трифонко.

Фамилия Трифонков (и, соответственно, Трифонкова) встречается в разных регионах России, но заметно чаще — на севере и в центральной полосе, в областях, где имя Трифон было особенно популярно. Например, в Вологодской, Архангельской, Костромской и Ярославской губерниях. В этих местах Трифонов и Трифонковых традиционно много, и фамилия нередко фиксируется в писцовых книгах XVII века. Есть и географическая привязка: в некоторых районах фамилия могла возникнуть независимо в разных семьях, потому что имя было распространённым.

С точки зрения социальной истории, носители фамилии Трифонков в большинстве своём были крестьянами или посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не значится. Это типичная «отчество-фамилия», которая закрепилась за простыми людьми в эпоху, когда фамилии стали обязательными для всех сословий после реформы 1861 года. В некоторых случаях фамилия могла образоваться и от прозвища, если человека прозвали Трифоном за схожесть с тёзкой-святым или за привычку, но основная версия — от имени.

Редкая особенность фамилии — форма с суффиксом -к- в основе, а не просто Трифонов. Трифонков указывает на то, что предка звали не просто Трифон, а именно Трифонко, что подчёркивает бытовой, неофициальный характер именования. Такие фамилии часто возникали в среде, где людей называли по отцу с уменьшительным суффиксом, и это отличает Трифонковых от более многочисленных Трифоновых.