Фамилия Трофимушкина образована от женской формы, но её основа, как и у многих русских фамилий на -ин, восходит к мужскому имени. В центре фамилии — имя Трофим, которое пришло на Русь из греческого языка и означает «кормилец» или «питомец». Это имя было распространено в крестьянской и мещанской среде, особенно в XIX веке, и давало начало множеству производных форм: Трофимка, Троша, Трофимушка.

Ключевая особенность фамилии Трофимушкина — редкий суффикс -ушк-. Он указывает на ласкательно-уменьшительную форму имени Трофимушка. Такие формы в русской ономастике часто закреплялись за человеком не как официальное имя, а как домашнее, обиходное прозвище. Со временем прозвище Трофимушка (ласковое обращение к Трофиму) стало фамилией, а суффикс -ин добавил значение принадлежности: «чей?» — «сын Трофимушки». То есть Трофимушкин — это буквально «потомок того, кого называли Трофимушкой».

Фамилия женского рода Трофимушкина встречается реже, чем мужская Трофимушкин, и может указывать на то, что в документах записана женщина, например вдова или дочь. Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России — там, где уменьшительные формы на -ушка были особенно живучи в бытовой речи. Встретить её можно в старых метрических книгах Владимирской, Костромской и Ярославской губерний.

С точки зрения социальной истории, носители фамилии Трофимушкин, скорее всего, были крестьянами или мелкими ремесленниками. Ласкательная форма имени в основе не говорит о знатности, а скорее о том, что предок был известен в своей общине под тёплым, домашним прозвищем. Фамилия не получила широкого распространения, что делает её уникальной: она не «размылась» по стране, а сохранила локальный отпечаток и связь с конкретным родом.

Известных исторических личностей с такой фамилией в открытых источниках не зафиксировано — это типичная «малая» фамилия, которая живёт в семьях, а не в энциклопедиях.