Фамилия Тронихина — женская форма фамилии Тронихин, а та, в свою очередь, образована от мужского личного имени или прозвища Троня. Это типичная русская модель на -ин, указывающая на принадлежность: «чей?» — Тронихин, то есть потомок Трони.

Основа здесь — Троня. Чаще всего это уменьшительная форма от канонического имени Трофим (греч. «кормилец, питомец»). В русской деревне полные имена почти не использовались в быту, их заменяли десятками производных: Трофим превращался в Трошу, Троньку, Троню. Фамилия Тронихин закрепила именно вариант Троня с суффиксом -их- (сравните: Тронихин — как Петрихин от Петря, Степанихин от Степаня).

Версия с происхождением от прозвища Троня (от глагола «тронить» — в некоторых говорах «теребить, тормошить, медлить») менее вероятна, хотя и не исключена полностью. Такое прозвище могли дать нерасторопному человеку. Однако ономастика знает множество примеров, когда фамилии на -ихин образованы именно от обиходных форм крестильных имён, поэтому связь с Трофимом — основная.

Географически фамилия Тронихин (и Тронихина) встречается в центральных и северных областях России, в зоне распространения патронимического суффикса -ин. В южных и западных регионах, где преобладают фамилии на -енко и -ук, она редка. Это косвенно подтверждает её древнее, «московское» происхождение — такие фамилии складывались в XV–XVII веках в среде служилых людей и крестьян.

Социального статуса предков по фамилии не определить: Тронихин мог быть и боярским холопом, и посадским человеком. Суффикс -ин универсален и не указывает на сословие.