Фамилия Трубунова — женская форма фамилии Трубунов. Её основа — прозвище или мирское имя Трубун, которое образовано от слова «труба» с помощью суффикса -ун. В русской ономастике суффикс -ун характерен для прозвищ, данных по действию или характерному признаку: крикун, молчун, бегун. Трубуном могли назвать человека, который играл на трубе (военной или пастушьей), либо мастера, делавшего трубы, — например, печника или водопроводчика. В говорах слово «трубун» могло означать и просто «трубач», и «толстяк» (от «труба» в значении «толстый, полый предмет»), но первое значение вероятнее: ремесленные прозвища в основе фамилий встречаются чаще, чем прозвища по внешности.

Фамилия Трубунов — относительно редкая. Её ареал тяготеет к южнорусским и поволжским областям, где были распространены отхожие промыслы, связанные с печным делом и строительством. Встречается также на Урале, куда в XVIII–XIX веках переселялись мастеровые люди. Патронимический суффикс -ов указывает на принадлежность: «Трубунов» значит «сын Трубуна». Время возникновения фамилии — не ранее XVI–XVII веков, когда у русских крестьян и посадских людей начали закрепляться наследственные прозвания.

В отличие от более частых фамилий Трубников, Трубачёв, Трубецкой, вариант Трубунов сохранил редкую словообразовательную модель. Если Трубников прямо указывает на профессию (трубник — мастер по трубам), то Трубунов — через прозвище, что типично для раннего этапа формирования русских фамилий у непривилегированных сословий. Никаких документальных свидетельств о дворянском происхождении Трубуновых не обнаружено: фамилия оставалась крестьянской и мещанской, без попадания в родословные книги.

Современные носители фамилии Трубунова могут считать себя потомками ремесленников, чья работа была связана с печным отоплением, водопроводом или музыкой. Однако без генеалогического исследования точное занятие предка установить невозможно — прозвище могло закрепиться и за человеком, просто имевшим громкий голос (трубный). Тем не менее, ремесленная версия выглядит убедительнее: в русских говорах слово «трубун» в значении «крикун» не фиксируется, а вот «трубач» и «печник» — да.