Фамилия Трусеев с первого взгляда кажется простой, но в ней скрыта неочевидная ловушка для этимолога. Основная версия связывает её с глаголом «трусить» — то есть двигаться мелкой, частой рысью, бежать рысцой. В русских говорах «тру́сить» и производное «труса́» (или «трусь») означали не только походку, но и робкого, нерешительного человека. Поэтому прозвище Трусей мог получить либо тот, кто ходил особенной, семенящей походкой, либо человек пугливый. Модель образования типична для русских фамилий на -ев: от прозвища на -ей (Трусей) через притяжательное прилагательное «Трусеев сын».

Однако есть и другая, более редкая версия, которая не встречается в массовых справочниках, но заслуживает внимания. В некоторых южнорусских и украинских говорах «трус» — это не трусость, а тряска, толчок, сотрясение. Слово «трусея» могло означать трясучку, лихорадку или просто суетливого человека. В этом случае фамилия Трусеев выводится из медицинского или бытового прозвища, данного больному или беспокойному человеку. Эта гипотеза менее популярна, но лингвистически возможна, особенно если учесть, что фамилия фиксируется в южных регионах, где «трус» в значении «дрожь» было употребительно.

Суффикс -ев указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или йот. Если бы прозвище было Трус, фамилия звучала бы как Трусов. Форма Трусеев чётко говорит об исходном имени Трусей. Интересно, что в старых документах встречается вариант Трусев — с утратой одного «е», что свойственно разговорному произношению и быстрой записи. Такие разночтения нередко сбивают с толку при генеалогическом поиске: ищите не только Трусеевых, но и Трусевых, а также однокоренные Трусовы и Трусины.

По социальному составу фамилия Трусеев не элитарна. Она не встречается среди древних боярских родов и, скорее всего, принадлежала крестьянам или посадским людям. Прозвища, данные по поведению или походке, были типичны для непривилегированных сословий, где человека называли по заметной черте, а не по отцу. Географически фамилия разбросана, но заметное число носителей зафиксировано в центральных областях России и на юге, что косвенно подтверждает обе версии — и «бегущего рысью», и «трясущегося» человека.