Фамилия Цапаликов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с характером или манерой поведения, а не с ремеслом или местностью. В её центре — глагол «цапать», который в русских говорах имел два основных значения: хватать, брать (иногда с оттенком грубости или торопливости) и, реже, ударять, стегать. Соответственно, Цапалой или Цапаликом в старину могли прозвать человека хваткого, цепкого, не упускающего своего, либо, наоборот, того, кто любил задираться и «цапаться» — ссориться, цепляться к словам.

Суффикс -ик в основе Цапалик указывает на уменьшительно-пренебрежительную форму прозвища, что типично для обиходной речи в северных и центральных губерниях. Затем к этой основе добавили стандартный патронимический суффикс -ов, превратив прозвище в фамилию: «сын Цапалика». Модель образования (прозвище на -ик + -ов) встречается нечасто, она характерна для фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей, где прозвища давались по бытовым приметам, а не по отчеству.

В этимологических словарях фамилия не зафиксирована, но её легко поставить в ряд с однокоренными: Цапаев, Цапин, Цапкин. Отличие Цапаликова — в более сложной суффиксальной цепочке, что говорит о вторичном, более позднем закреплении прозвища. Версия о связи с диалектным словом «цапля» (через «цапать» — ходить, переставляя ноги) маловероятна: для фамилий от названий птиц обычно используют суффикс -ин (Цаплин), а не -иков.

Скорее всего, первые носители фамилии жили в зоне севернорусских или владимиро-поволжских говоров, где глагол «цапать» был особенно употребителен. Сословно это были крестьяне или ремесленники, получившие фамилию не по отцу, а по уличному прозвищу, которое закрепилось за семьёй. Никаких дворянских родов с такой фамилией не известно, и в дореволюционных родословных книгах она не встречается.