Фамилия Цепковатые — одна из тех, что сразу обращает на себя внимание формой: это не типичное -ов или -ин, а окончание -ые, характерное для северных и северо-восточных областей России, а также Сибири. Такая модель (Цепковатые, Глубоковские, Кривощёкие) указывает на то, что фамилия возникла как прозвище целой семьи или рода, а затем закрепилась за потомками. В быту таких людей могли называть «цепковатыми», то есть принадлежащими к роду Цепка или Цепковатых.

Основа фамилии — «цепк» — скорее всего, восходит к слову «цепкий». В говорах «цепковатый» могло означать человека придирчивого, въедливого, того, кто «цепляется» к словам или делам. Но возможен и более прямой смысл: прозвище могли дать человеку с цепкими руками — например, борцу, кузнецу или тому, кто ловко лазал по деревьям. В некоторых диалектах «цепок» — это и черенок косы, и часть цепа (орудия для молотьбы), так что не исключено, что предок был мастером по изготовлению этих деталей.

Менее вероятна, но всё же допустима связь с украинским или белорусским «цеп» (цепь, цепок) — в таком случае прозвище могло относиться к человеку, носившему цепь или работавшему с ней. Однако окончание -ые твёрдо указывает на великорусскую, а не малороссийскую среду бытования.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Цепков, Цепкин, Цепов — показывает, что Цепковатые образованы по более редкой и локальной модели. Если Цепковы и Цепкины рассеяны шире, то Цепковатые — почти наверняка «гнездовая» фамилия, то есть все её носители происходят из одного села или волости. В переписях XIX века такие фамилии встречаются в Вологодской, Архангельской и Вятской губерниях.

В дворянских родословных книгах фамилия не отмечена: суффикс -ые и прозвищная основа выдают крестьянское или мещанское происхождение. Скорее всего, предки Цепковатых были государственными или помещичьими крестьянами, а фамилия закрепилась за их потомками уже после отмены крепостного права, когда в документах стали массово записывать «уличные» прозвища целыми семьями.