Фамилия Цубенко — наглядный пример того, как украинская словообразовательная модель «съела» исходное прозвище, оставив нам только суффикс и корень. Её основа — «Цуб-», а суффикс «-енко» указывает на происхождение с территории современной Украины (исторически — малороссийские земли). Такая модель означала «маленький» или «сын»: Цубенко — буквально «сын Цуба» или «маленький Цуб».

Что такое «Цуб»? Это прозвище, и здесь у этимологов есть две основные версии. Первая — от украинского диалектного «цуб», что означало «зуб» (сравните с белорусским «цуб»). В таком случае прозвище Цуб могли дать человеку с крупными, редкими или, наоборот, кривыми зубами — внешний признак, который бросался в глаза. Вторая версия — от глагола «цубати» (царапать, драть, хватать), и прозвище могло относиться к человеку с цепкими пальцами или сварливому, «царапучему» характеру. Первая версия кажется более надёжной, так как прозвища по внешним чертам — один из самых распространённых типов в народной ономастике, а «зуб» в разных фонетических вариантах встречается во многих славянских фамилиях.

Географически фамилия Цубенко тяготеет к центральным и южным областям Украины — Черкасской, Полтавской, Кировоградской. Встречается она и на Кубани, куда активно переселялись малороссы в XIX веке. В дореволюционных записях эта фамилия почти не фиксируется в списках дворянства или казацкой старшины — её носители, скорее всего, были либо крестьянами, либо казаками рядового состава. Интересно, что в русском языке фамилия не склоняется в женском роде (она у Цубенко, к Цубенко), но в украинской традиции может склоняться и в мужском, и в женском варианте — это обычная практика для фамилий на -енко.

Редкость фамилии в том, что она сохранила начальный звук «ц», который в большинстве аналогичных прозвищ со временем перешёл в «з» (сравните с фамилией Зубенко). То есть Цубенко и Зубенко — это, по сути, однокоренные варианты, разошедшиеся из-за диалектных особенностей произношения. Первый закрепился там, где говорили «цуб», второй — где «зуб».