Фамилия Цуневский — редкая и, скорее всего, искусственная по происхождению, то есть книжная или семинарская. Её основа неочевидна, и в ней нет типичного для русских крестьянских фамилий корня, связанного с ремеслом или прозвищем. Суффикс -ский указывает на польское или украинское влияние, а также на то, что фамилия могла быть дана по названию места или церковного праздника.

Наиболее вероятная версия — топонимическое происхождение. Фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта вроде Цунев, Цунево. Такие топонимы встречаются в западных регионах бывшей Речи Посполитой — на территории современной Беларуси, Украины или Польши. Человек, переехавший из такого места, получал прозвище «Цуневский», то есть «тот, кто из Цунева». Однако найти конкретное село с таким названием на картах сегодня сложно, что говорит либо о его исчезновении, либо об очень локальном бытовании.

Вторая версия — происхождение от прозвища или имени Цун. Это могло быть уменьшительное от редкого христианского имени (например, Цунек от Зиновий или Целестин) или иноязычное заимствование. В польском языке слово «cun» (цун) в диалектах означало «трус» или «негодяй», но это значение маловероятно для фамилии дворянского или духовного сословия, где чаще брали благозвучные основы.

Третий вариант — семинарская фамилия, образованная от латинского слова «cuneus» (клин) или греческого «κύων» (собака, пёс). Такие искусственные фамилии давали ученикам духовных училищ, переводя их бытовые прозвища на латынь или греческий. Например, если у семинариста была фамилия Собакин, её могли «облагородить» до Цуневского. В пользу этой версии говорит и типично семинарский суффикс -ский, который придавал фамилии «учёное» звучание.

В любом случае, Цуневский — фамилия не массовая, а элитарная по происхождению: её носителями, скорее всего, были либо мелкая шляхта, либо духовенство (священники, дьячки). Встретить её можно в основном в западных губерниях Российской империи — на Волыни, в Подолье или в Минской губернии. В современной России фамилия остаётся редкой, и её носители, вероятно, потомки тех, кто переехал в центральные регионы в XIX–XX веках.