Фамилия Цунин почти наверняка произошла от прозвища Цуня. Это ласкательная форма, которая легла в основу фамилии по стандартной модели «прозвище + суффикс -ин», отвечающей на вопрос «чей?»: сын Цуни, то есть Цунин.

Что означало само прозвище? Самая правдоподобная версия ведёт к украинскому слову «цюник» — так на Украине называют тростникового воробья. В этом случае прозвище Цуня человек получил за внешнее сходство с этой птицей: возможно, за маленький рост, юркость, круглую голову или особую манеру поведения.

Менее вероятно, но всё же стоит упомянуть другое значение слова «цюник» — «маленькая серебряная монета, найденная в земле». Если прозвище связано с ним, то его носитель мог быть находчивым человеком, удачливым в поисках кладов, либо получить такое имя в насмешку за пристрастие к деньгам.

География фамилии косвенно подтверждает украинскую версию. Суффикс -ин типичен для русских фамилий, но основа с характерным южнорусским и украинским звучанием «цю» указывает, что предки Цуниных жили на стыке русской и украинской культурных традиций. В русских говорах такое слово не встречается, поэтому корень фамилии — явный украинизм.

Интересно, что фамилия Цунин осталась довольно редкой. Она не попала в массовые списки дворянских или купеческих родов, а значит, её носители были, скорее всего, крестьянами или мещанами. Прозвища, закреплённые в фамилиях, часто имели ироничный оттенок, поэтому можно предположить, что родоначальник был человеком заметным, с яркой внешностью или характером, за что и получил своё птичье прозвище.