Фамилия Цыпанов — один из тех случаев, когда основа прозрачна, но неожиданна. В её основе лежит слово «цыпа» или «цыпка». В русских говорах так называли цыплёнка, а в переносном смысле — маленького, щуплого человека или ребёнка. Прозвище Цыпа могли дать невысокому мужчине, младшему в семье или тому, кто внешне напоминал птенца — сутулого, с лёгкой фигурой. В отличие от фамилий на «-ёнок» (вроде Цыплёнков), модель с суффиксом -ан- (Цыпан) и последующим -ов (Цыпанов) характерна для северных и центральных регионов России, где «-ан» часто выступал как уменьшительный или пренебрежительный суффикс.

Словообразовательная цепочка проста: прозвище Цыпа → отчество Цыпанов (буквально «сын Цыпы»). Фамилия типично русская, патронимическая, без иноязычных вкраплений. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании прозвища. Если сравнивать с однокоренными, то Цыпкин (от «цыпка») и Цыплаков (от «цыплёнок») более распространены, а Цыпанов остаётся редкой ветвью.

Сословная принадлежность предков-Цыпановых, скорее всего, крестьянская или мещанская, поскольку прозвища от названий животных и птиц в дворянской среде почти не встречались. В некоторых говорах «цыпа» имела иное значение — так называли бранное, вздорное существо (от «цыпаться» — ссориться), но эта версия менее вероятна из-за общего ласкательного оттенка слова. Таким образом, первый носитель фамилии, Цыпа, был, по всей видимости, человеком невысокого роста или с мягким, «птичьим» нравом, а его потомки закрепили это прозвище в официальной фамилии.