Фамилия Тунегова — женская форма фамилии Тунегов, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, в основе лежит прозвище или мирское имя, связанное с диалектным словом «туне» или «тунец». В северных и сибирских говорах «туне» означало «попусту, напрасно, без пользы». Отсюда «тунеядец» — тот, кто живёт чужим трудом. Однако фамилия могла образоваться и от глагола «тунеть» — «толстеть, жиреть». В таком случае Тунег — прозвище упитанного, дородного человека.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ или имён, заканчивающихся на твёрдый согласный. Форма Тунегова — притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чья?», то есть «дочь или жена Тунега». Поскольку фамилия редкая, её география, скорее всего, узкая: возможны следы в Архангельской, Вологодской областях или в Сибири, куда переселенцы приносили северные говоры.

Вторая, менее вероятная, версия связывает фамилию с тюркским корнем «тун» — «ночь» или «тёмен», но для русского уха это звучит натянуто: суффикс -егов нехарактерен для тюркских фамилий. Скорее всего, предки носителей фамилии Тунегова получили прозвище за какую-то особенность поведения или внешности — ленивого или, наоборот, сытого человека. Точных данных о сословной принадлежности нет, но по модели образования фамилия крестьянская или посадская, не дворянская.