Фамилия Тункеев — редкий случай, где прозрачная на первый взгляд основа таит в себе как минимум две равновероятные версии происхождения. Суффикс -ев указывает на русскую модель образования от имени или прозвища на согласный, но вот с корнем «Тункей» всё не так однозначно.

Первая и наиболее очевидная версия — тюркская. У народов Поволжья (татар, башкир, чувашей) и у казахов встречается личное имя Тункай или Тункуй. В его основе лежит тюркское слово «тун» — «первый», «старший» или, в некоторых диалектах, «ночь», «темный». Имя Тункай могло даваться первенцу или, наоборот, ребёнку, родившемуся в тёмное время суток. В таком случае фамилия Тункеев — это обрусевшая форма отчества «сын Тункая», и предок носителя был выходцем из тюркоязычной среды, принявшим православие и русскую фамилию.

Вторая версия менее очевидна, но тоже имеет право на жизнь. В некоторых русских говорах (особенно в северных и сибирских) словом «тунка» называли неуклюжего, неповоротливого человека или, напротив, молчуна. От этого прозвища могла образоваться форма Тунка, а при помощи суффикса -ей (Тункей) — уже прозвище для сына или потомка такого человека. Суффикс -ей в русской антропонимии редок, но встречается в прозвищах вроде Кислей, Зверей, Хигрей. Тогда Тункеев — это «внук Тункея», то есть потомок человека, которого прозвали за характер или внешность.

Спор между этими версиями решает география. Фамилия Тункеев — нечастотная, но её основное ядро фиксируется в Оренбургской, Челябинской областях и в Башкортостане. Это зона активного русско-тюркского пограничья, где фамилии на -ев от тюркских имён — обычное дело. Поэтому тюркская версия выглядит более правдоподобной: предки современных Тункеевых, скорее всего, были крещёными татарами или башкирами, взявшими фамилию по имени родоначальника.

Словообразовательная модель проста: основа Тункей (от тюркского Тункай) плюс патронимический суффикс -ев. В дореволюционных документах фамилия могла писаться через «а» — Тункаев, что лишь подтверждает её происхождение от имени Тункай. Встречается также вариант с ударением на второй слог — Тунке́ев, что характерно для фамилий с тюркскими корнями, где ударение сместилось на последний слог в процессе обрусения.