Фамилия Тутун — редкий случай, когда основа слова не оставляет сомнений в своём прямом значении, но заставляет задуматься о пути, которым это значение вошло в фамилию. Корень здесь — «тутун», и в большинстве тюркских языков, от турецкого до татарского и азербайджанского, это слово означает «табак». Однако, в отличие от многих «табачных» фамилий (Табаков, Табачников), которые прямо указывают на торговца или производителя, Тутун скорее всего было прозвищем.

Прозвище Тутун могли дать человеку, который имел отношение к табаку: либо курильщик, которого без табака не видели, либо, наоборот, тот, кто его нюхал или жевал, либо торговец, но в уменьшительно-пренебрежительной форме. В русской среде XVI–XVII веков табак воспринимался как «богомерзкое зелье», и прозвище Тутун могло закрепиться за человеком с дурной привычкой, а позже стать фамилией. В южнорусских и украинских говорах «тютюн» (табак) и «тутун» — диалектные варианты одного слова, поэтому географически фамилия тяготеет к югу России, Поволжью и Причерноморью, где сильны тюркские влияния.

Есть и другая, менее очевидная, версия. В некоторых тюркских языках «тутун» может означать «дым» (от глагола «туту» — дымить). Тогда прозвище могло относиться к печнику, кузнецу или человеку, жившему в дымной избе. Но это значение встречается реже, и основная масса носителей фамилии, вероятно, обязана своим именем именно табаку.

Фамилия образована без суффикса, по так называемой «чистой» модели: прозвище стало фамилией как есть. Это характерно для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, где не было обязательного добавления -ов/-ев или -ин. Встречаются варианты написания Тутун и Тютюн, но Тутун — более архаичный и, возможно, более точный по тюркскому произношению.

Сословно фамилия не аристократическая: её носители — это крестьяне, казаки или мещане, чаще всего из регионов, где табак был распространённым товаром. В дореволюционных метрических книгах Тутуны встречаются в Таврической, Херсонской и Екатеринославской губерниях, а также среди кубанских казаков.