Фамилия Уркунова — женская форма от Уркунов, и её происхождение напрямую зависит от того, где и когда она возникла. Самая вероятная версия связывает её с тюркскими языками, скорее всего, с башкирским или татарским. В основе лежит слово «уркүн» или «өркөн» — «пугливый», «боязливый», «шугливый» (от глагола «өркөү» — пугаться, шарахаться). Прозвище Уркун в дореволюционных деревнях могли дать человеку с беспокойным или осторожным нравом, либо тому, кто легко пугался. Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, что типично для фамилий, появившихся у тюркских народов под влиянием русской администрации в XIX веке: к прозвищу Уркун добавили русский патронимический суффикс, а затем окончание -а для женского рода.

Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от каракалпакского или казахского слова «уркен» — «испуганный», «взволнованный». В этом случае фамилия могла закрепиться за одним из членов рода, получившим такое прозвище за поведение. Встречается также вариант, что основа восходит к монгольскому «ургу» — «поднимать», «возвышать», но для фамилии Уркунова это объяснение менее правдоподобно: суффикс -ун в тюркских языках чаще образует прилагательные, а не глагольные формы.

С точки зрения географии, фамилия Уркунова сегодня встречается в основном в Башкортостане, Татарстане, а также среди башкирских и татарских диаспор в Челябинской и Оренбургской областях. Встречаемость невысокая, что говорит о локальном происхождении — возможно, от прозвища одного основателя рода в конкретной деревне. Сословно предки могли быть как государственными крестьянами, так и тептярями или башкирами-вотчинниками, но точных данных об этом нет.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Уркунов, Уркунбаев, Уркуновский — то Уркунова стоит особняком из-за редкой основы. В отличие от более частых фамилий на -ов, эта не имеет широко известного аналога в русских говорах, что прямо указывает на тюркский корень. Споров вокруг этимологии почти нет: большинство исследователей сходится на «пугливом» значении, а альтернативные версии (например, от имени Уркун как варианта Уркуш) остаются на уровне догадок без серьёзной доказательной базы.