Фамилия Усеня чаще всего откликается на прозвище, которое давали человеку с пышными или длинными усами. В Древней Руси усы значили много: они служили знаком зрелости, социальной полноценности и человеческого достоинства. Поэтому нарекая сына именем Ус, родители желали ему в будущем обрести эту зримую мужскую доблесть. Письменные источники сохранили следы такого именования: известны боярин Иван Федорович Ус Товарков-Пушкин (1471–1484 гг.), Яков Усов, казненный в 1570 году в новгородском погроме, и новгородские помещики Усовы конца XV века.

Однако у фамилии есть и вторая, менее очевидная версия. Согласно ей, имя Усеня — диалектный вариант мусульманского имени Хусаин, которое в переводе с тюркского означает «красивый, хороший, один из двух красавцев». По традиции это имя давали одному из мальчиков-близнецов, и в таком случае фамилия несет не описательный, а личный, имяреческий смысл. Обе гипотезы имеют право на жизнь, но первая — прозвищная — выглядит убедительнее для славянского уха: она объясняет и форму, и бытовую логику возникновения фамилии.

Интересно, что фамилия Усеня не слишком распространена, но встречается в белорусских документах начала XX века. Например, в деревне Пасека Минской области упоминаются Усеня Василий Никитович (1898 года рождения) и Усеня Степан Никитович (1881 года рождения), оба — белорусы. Это указывает на устойчивое бытование фамилии в западных регионах, где она могла сохранить как славянскую, так и тюркскую основу, наслаиваясь на местные диалектные традиции.