Фамилия Усенина — женская форма, а её мужской вариант — Усенин. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Усеня. Это довольно редкая словообразовательная модель: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Усенин — сын Усени, а Усенина — дочь или жена Усени. Основа же — Усен(я) — вызывает несколько версий.

Самая прямая и правдоподобная: Усеня — это производная форма от крестильного имени Устин (от латинского justus — «справедливый»). В русской народной среде имена часто усекали и добавляли мягкий суффикс: Устин превращался в Устя, а оттуда — в Усеню. Подобные переходы (Устин → Усеня → Усенин) встречаются в северных и центральных говорах, где звук «с» мог заменять «ст» в беглой речи.

Вторая версия связывает фамилию с диалектным словом «усень» — так в некоторых областях называли овсяную солому или мякину. Прозвище Усеня могли дать крестьянину, который занимался обмолотом зерна или жил в бедности, питаясь отходами. Однако это предположение менее надёжно: слово «усень» узко локально и почти не встречается в документах XVI–XVII веков.

Третья, совсем редкая гипотеза — от тюркского имени Усен (вариант Хусейн), но для русской фамилии с суффиксом -ин это маловероятно: такие заимствования обычно оформлялись через -ов (-ев). Усенина — фамилия «чисто» русского патронимического типа, и её носители, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды центральной России, где имя Устин было распространено.