Фамилия Усен чаще всего восходит к диалектной, преимущественно казахской, форме мусульманского имени Хусаин. В тюркских языках это имя означает «красивый, хороший», а в арабской традиции его толкуют как «один из двух красавцев». Такое имя по обычаю давали одному из мальчиков-близнецов, вкладывая в него пожелание, чтобы сын вырос добрым, славным и статным мужчиной. Таким образом, основатель рода получил при рождении имя-оберег, которое затем закрепилось за его потомками как фамильное.

Впрочем, есть и другая версия, связанная не с личным именем, а с прозвищем или родовой принадлежностью. У башкирского народа существовало родовое подразделение «усен», входившее в состав крупного племени юрматов. Это дает основание полагать, что предок носителей фамилии Усен мог быть выходцем из этого рода, а его прозвище указывало на происхождение. Словообразовательная модель здесь проста: фамилия образована напрямую от основы без дополнительных суффиксов, что характерно для тюркских фамилий, которые не всегда проходили через русскую патронимическую обработку.

Какая из версий правдоподобнее? Обе имеют право на жизнь, но имя Хусаин в форме Усен встречается в казахской среде достаточно широко, тогда как башкирский род «усен» — явление локальное. Поэтому для большинства семей с фамилией Усен более вероятно происхождение от личного имени, а родовой вариант объясняет лишь отдельные случаи бытования фамилии у башкир. В написании фамилия сохраняет тюркскую краткость, что отличает её от русифицированных форм вроде Усенов или Хусаинов, где добавлен суффикс принадлежности.