Фамилия Усинин — одна из тех, что образованы напрямую от прозвища, а не от крестильного имени. Её основа — слово «ус» или, вероятнее, «уса». В русской антропонимии прозвища по внешним признакам давали часто и охотно: Ус, Уса, Усан, Усик. Человек с заметными, длинными или необычными усами мог получить такое прозвище, которое затем закреплялось за его детьми. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Усинин, то есть сын Усины или Уси.

Менее очевидная, но возможная версия — происхождение от уменьшительной формы имени Устин (от латинского justinus — «справедливый»). В народной речи имя Устин могло сокращаться до Уся, Усик, а от формы Усиня образовалась бы фамилия Усинин. Однако эта версия слабее: для имён на -ин обычно характерна основа на -а (Устин дал бы Устинин или Устинов), а Усинин скорее отсылает к прозвищу.

Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, но не имеет ярко выраженного очага. Встречается и в Поволжье, что может говорить о смешанном происхождении — от прозвища и от имени. В ревизских сказках и переписях XIX века Усинины записаны в основном как крестьяне и мещане, что типично для фамилий, не принадлежавших дворянским родам.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Усов, Усанов, Усиков — показывает, что модель Усинин более редкая. Суффикс -ин при основе на согласный (Усин) встречается чаще, но форма Усинин предполагала, что прозвище звучало как Усина или Усиня. Это нестандартное словообразование, которое и делает фамилию отличимой от более массовых Усовых.